Studium na Zahradnické fakultě je organizováno podle zákona č. 111/ 1998 Sb. o vysokých školách a o změně a doplnění dalších zákonů (zákon o vysokých školách) a podle Studijního a zkušebního řádu MENDELU. Inženýrské studium je základní formou a sestává z tříletého bakalářského a návazného dvouletého magisterského studia.
V obou stupních je výuka organizována prezenční formou (denním studiem) i formou kombinovanou (dálkovou). Rozdělením studia do dvou stupňů je studentům nabízena možnost ukončit svá studia již po absolvování bakalářského stupně, případně pokračovat na magisterském stupni k dosažení titulu inženýr.
Kombinované studium je dálkovou formou výuky určenou především zájemcům z praxe, protože dovoluje studium při zaměstnání nebo vlastním podnikání prostřednictvím blokové podoby kolokviální výuky. Kombinovaný způsob studia klade vyšší důraz na samostatnou práci posluchačů a maximální využití studijní literatury a doprovodných textů. Bakalářský kombinovaný program obsahuje relevantní složení studijního plánu jako prezenční studium. Absolventi této formy mohou také dále pokračovat ve studiu v magisterských programech k dosažení titulu inženýr.